정조는 즉위 후 학문연구기관인 규장각을 설치하였다. 규장각은 공식적으로는 학문연구 기관이지만 실제적으로 정조의 인재양성기관이자 국정운영의 이론과 정책을 만들어주는 기관이었다. 정조는 규장각을 통해 친위 인사들을 양성하고, 이들은 정조 재위기간 내내 개혁정치를 주도하였다.
규장각 설치 이후 서얼제도에 대한 전면적 혁파를 추진하였다. 서얼이라는 이유로 차별받는 것은 국가 전반에 올바르지 않은 것이라 생각하였다. 서얼들에게 문과 시험을 볼 수 있는 기회를 주었고, 이로 인하여 많은 서얼들이 과거에 진출할 수 있었다.

정조는 영조의 뒤를 이어 본격적인 탕평정치를 위해 1788년(정조 12) 남인의 영수인 채제공을 우의정으로 특배하였다. 사도세자의 죽음에 목숨을 걸고 막았던 체제공은 성호 이익의 제자임을 자처하면서 남인의 학문적 영수이자 정치적 영수이기도 했다. 체제공이 중앙 정치무대에 등장하면서 정조는 삼상체제를 시작하였다. 노론, 소론, 남인이 삼정승을 돌아가면서 맡는 것이 삼상체제는 정조의 탕평정책의 근간이 되었다.

정조는 아버지 세도세자의 명예를 회복하는 것이 자신의 왕권정통성을 공고히 하는 것으로 생각했다. 그래서 1789년 7월 15일 사도세자의 묘소를 천하길지로 평가받은 수원 화산으로 옮기기로 결정하였다. 이곳은 원해 효종이 묻히기로 했던 자리였으나 당시 남인과 서인의 대립으로 끝내 사용하지 못했던 곳이었다. 정조는 수원 화산으로 사도세자의 묘소를 옮기기로 하고, 그 일대에 있던 수원도호부 관아 및 읍치를 팔달산 동쪽으로 옮기기로 하였다.
팔달산 일대는 반계 유형원의 반계수록에 나와 있는 삼남(충청, 전라, 경상)에서 한양으로 올라가는 교통의 요지로 대도회가 될 장소였다. 정조는 수원신읍치를 자신의 개혁구상의 혁신도시로 삼고자 하였다. 이곳에서 최초로 자유상업제도를 실시하고, 농업 활성화를 위하여 만석거, 축만제 등 저수지를 만들고, 국영 농장인 둔전(屯田)을 만들어 토지 없는 백성들에게 농사를 지을 수 있게 하였다. 그리고 수원신읍치에 성곽을 축성하여 화성(華城)이라 이름 짓고, 친위군영인 장용영외영을 주둔하게 하였다.